次のような診断方法をいくつか組み合わせて、ファブリー病の確定診断を行います。
「ファブリー病の症状」であげられているような、ファブリー病に特徴的な症状があるかどうかを調べます。
血液中の血漿（けっしょう）、白血球、あるいは尿中のα-ガラクトシダーゼ（α-GAL)活性の測定を行います。酵素活性の欠損または低下が認められれば確定診断となります。
皮膚や腎臓、心臓などの組織のごく一部を採取して、異常があるかどうかを顕微鏡で調べます。
主に血液や尿を採取し、そのなかの糖脂質GL-3が蓄積しているかを調べます。臓器の組織中のGL-3の量を調べることもあります。
血液や皮膚の細胞を使って、遺伝子を検査します。女性のファブリー病では、酵素活性のみでは診断できない場合があり、このようなときに遺伝子診断が行われることがあります。